Mərkəzin laboratoriyası 7 müayinə boksundan ibarətdir:
- Təqdim olunan qan nümunələrinin qeydiyyatı və müayinələr üçün hazırlanması boksu;
- Serologiya boksu – seroloji müayinələrin aparıldığı (İİV-ə skrininq, arbitraj və immunoblot müayinəsi) boks;
- Hepatit və opportunistik infeksiyaların skrininqi boksu;
- Biokimyəvi və ümumi klinik müayinələr boksu (qanın ümumi, biokimyəvi, sidiyin və nəcisin morfologiyası);
- Bakteriologiya boksu;
- İmmunologiya boksu;
- Molekulyar-qenetik müayinələr və rezistentliyin təyin edilməsi üzrə boks 4 otaqdan ibarət olan bu boks 2 hissəyə ayrılıb.